Das graue, kristalline Selen zeigt einen ausgeprägten Photoeffekt. Während es im Dunkeln ein schlechter Leiter für elektrischen Strom ist, nimmt seine Leitfähigkeit bei Belichtung um den Faktor Tausend zu. Aufgrund dieses Effekts eignet sich graues Selen zur Herstellung von lichtempfindlichen, elektronischen Bauteilen wie Photo-Dioden oder Photo-Transistoren.

Selen ist ein lebensnotwendiges Ultraspurenelement für den Schilddrüsenstoffwechsel und für die Schutzsysteme der Zellen. Als Antioxidanz ist es in der Lage, freie Sauerstoffradikale zu neutralisieren. Selenmangel führt beispielsweise zur Schwächung des Immunsystems, zu rheumatischen Beschwerden oder zu Augenerkrankungen. Das Ultraspurenelement findet sich in Heringen, Thunfisch, Sardinen, Sojabohnen, Weizenvollkornbrot und im Muskelfleisch (Rind, Schwein) in höheren Konzentrationen. Beim Selen ist die Schwelle vom nützlichen Bioelement bis zum giftigen Stoff nur gering. Eine chronische Vergiftung, die Selenose, entsteht bei der Aufnahme von wenigen Milligramm pro Tag. Die Symptome äußern sich in Haarausfall, Hautentzündungen, Übelkeit und in einem knoblauchartigen Atemgeruch.

Fein verteiltes Selen oxidiert an der Luft bereits bei Raumtemperatur zu Selendioxid SeO₂. Dieses kann sich nach dem Einatmen im Atemtrakt (oder auch im Magen) zu Seleniger Säure umsetzen. Die Säure besitzt eine sehr hohe schleimhautreizende Wirkung. Es treten Hustenreiz, Niesreiz und Atembeschwerden auf. Dann kommen Kopfschmerzen an der Stirn, Schwindel, Schwäche, Übelkeit und Brechreiz hinzu, in schweren Fällen eine Bronchitis oder ein Lungenödem. Ähnliche Symptome treten bei einer Vergiftung mit Selenwasserstoff auf, der noch gefährlicher ist. Der knoblauchartige Geruch in der ausgeatmeten Luft und im Hautschweiß bei Selenvergiftungen wird durch im Körper gebildetes Dimethylselenid Se(CH₃)₂ verursacht.

Selenwasserstoff ist ein stark toxisches und hochentzündliches Gas, das penetrant nach faulem Rettich riecht, stark die Atemwege reizt und mit Luft explosive Gemische bildet. Es ist toxischer als Schwefelwasserstoff. Schon das einmalige Einatmen kann zu schweren Vergiftungen führen, beim mehrmaligen Einatmen wird das Riechvermögen gelähmt, so dass die tödliche Dosis gar nicht mehr wahrgenommen werden kann. Selenwasserstoff entsteht bei der Reaktion von Aluminium- oder Eisenselenid mit Salzsäure.

Dem schwedischen Chemiker Jöns Jakob Berzelius (1779–1848) fiel im Jahre 1817 im Schlamm der Bleikammern einer schwedischen Schwefelsäurefabrik in Gripsholm eine ungewöhnliche Rotfärbung auf. Danach untersuchte er den Schlamm. Nach der Behandlung mit Königswasser erhielt er bei der Lötrohrprobe eine fahlblaue Flammenfarbe. Dabei trat ein markanter Geruch nach faulem Rettich auf. Durch weitere Experimente gelang ihm die Herstellung einer metallisch glänzenden Substanz. Berzelius benannte das neue Element nach dem griechischen Wort seléne („Mond“), in Anlehnung an das schon früher entdeckte Tellur („Erde“). In seinen Werken beschrieb Berzelius zahlreiche Versuche zur Herstellung der Selenverbindungen.  

Die technische Gewinnung erfolgt aus dem Anodenschlamm bei der Kupfer-Raffination. Die enthaltenen, wasserunlöslichen Selenide (im Beispiel Kupferselenid) werden mit Soda und Kaliumnitrat geschmolzen oder durch Rösten zu wasserlöslichem Natriumselenid oxidiert: 

Das noch vorhandene Tellur wird durch eine Neutralisationsreaktion mit Schwefelsäure beseitigt. Dabei fällt unlösliches Tellurdioxid aus. Durch diese Reaktion reagiert das Natriumselenid zu Seleniger Säure, die durch das Einleiten von Schwefeldioxid zu Selen reduziert wird:  

Bei Kälte erhält man rotes, amorphes Selen, das durch eine nachfolgende Vakuumdestillation gereinigt wird. Beim Rösten sulfidischer Erze wie Zinkblende oder Pyrit fällt neben dem Schwefeldioxid auch ein geringer Anteil an Selendioxid an. Dieses ist im Gegensatz zum Schwefeldioxid fest und findet sich daher als fein verteiltes Pulver im Flugstaub. Mit Hilfe von Schwefelsäure kann es ebenfalls in Selenige Säure umgewandelt werden. 

Der Selengleichrichter wurde von 1930 bis 1950 hauptsächlich in Röhrenradios zur Herstellung von Gleichspannungen eingesetzt. Er ersetzte die Gleichrichterröhre und war wesentlich robuster als diese. Das Selen war bei dieser Halbleiter-Diode auf einer vernickelten Eisenplatte aufgebracht. Durch die gestapelte Bauweise der Dioden erhielt man einen Brückengleichrichter. Die alten Modelle waren aus massivem Metall, während nach dem Zweiten Weltkrieg auch Modelle mit einem Kunststoffgehäuse gebaut wurden. Wurde der Gleichrichter überlastet, konnte man einen Geruch nach Rettich wahrnehmen.

Werden Selen oder Selenverbindungen bei der Glasherstellung in Konzentrationen von ein bis zwei Gramm pro Kilogramm zugemischt, erhält man leuchtend rotes Glas, das auch als Selenrubinglas bezeichnet wird. Dieses wird zum Bau von Signal- und Ampelanlagen verwendet. Geringe Selenkonzentrationen entfärben dagegen Gläser. Rosalinglas ist ein lachsrotes Glas, das überwiegend in der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts hergestellt und verwendet wurde. Die gewünschte Färbung bildet sich, wenn bei der Glasherstellung Arsen(III)-oxid zugegeben wird, das das zugesetzte Natriumselenit Na₂SeO₃ zu Selen reduziert. [Lit 123] Shampoos enthalten bis zu 1 % Selensulfid SeS₂ als Antischuppenmittel. In der Medizin werden Selenpräparate zur Behandlung von Hautkrankheiten eingesetzt.