Bei seinen Reisen eignete er sich autodidaktisch das Wissen seiner Zeit an. In Salzburg besuchte er das Grab des von ihm verehrten Paracelsus, seine Reisen führten ihn auch nach Basel, Paris, Marburg und Frankfurt. 1641 heiratete er seine zweite Ehefrau, mit der er acht Kinder hatte. Von seiner ersten Ehefrau hatte er sich getrennt, da sie ihm untreu war. Ab 1644 wurde Glauber Leiter der "Fürstlichen Hoff-Apotheken" in Gießen. Aufgrund des Hessenkrieges gab er diese Anstellung ein Jahr später wieder auf und ging 1646 nach Amsterdam. In seinem Haus richtete er sich dort ein eigenes Laboratorium ein. 
  
Nach dem Ende des Dreißigjährigen Krieges ging Glauber zurück in sein Heimatland, wo er zunächst ab 1648 in Wertheim wirkte und ab 1651 in Kitzingen. Dort stellte er aus Wein und Hefe Essig und Weinstein her und verkaufte diese Produkte. Nach einem gerichtlichen Streit um Rezepturen mit Christoph Fahrner, einem Angestellten des Domstifts zu Speyer, wurde ihm Kitzingen verleidet, 1656 ließ er sich erneut in Amsterdam nieder. Dort baute er sich große Laboratoriumsräume und besaß sogar ein Versuchsfeld für Getreidezucht. Ab 1660 litt Glauber unter einer merkwürdigen Krankheit, die sich in Lähmungserscheinungen und später auch in starker Gewichtsabnahme äußerte. Im Jahre 1666 wurde er bettlägrig, zwei Jahre später musste er sein Labor aufgeben und verkaufen. Vermutlich hatte er sich beim Experimentieren mit Quecksilber, Arsen oder mit Antimonverbindungen vergiftet, da die Alchimisten jener Zeit ohne zuverlässige Abluft in ihren Laboratorien arbeiteten. Glauber starb am 10. März 1670. 

Werk: 
Glaubers Werk ist sehr umfangreich, so hinterließ er 40 gedruckte Schriften, die vorwiegend in deutscher Sprache verfasst waren und lateinische Titel hatten. Ein Teil davon erschien ab 1661 in Amsterdam, vorgelegt in 7 Bänden unter dem Titel "Opera omnia". Ab 1651 wurde in Leipzig und Breslau der "Glauberus Concentratus" verlegt, der die wichtigsten Schriften von Glauber enthält. Schon in der Amsterdamer Ausgabe befand sich eine Schrift mit dem Titel "Furni Novi Philosophici". Darin beschrieb Glauber das Erhitzen und Destillieren von Eisenvitriol (Eisensulfat), das er vorher durch mehrfache Kristallisation gereinigt hatte. Dabei entstand das Oleum (Rauchende Schwefelsäure). Bei der vorsichtigen, fraktionierten Destillation erhielt er in der Destillationsvorlage "Spiritus volatilis vitrioli" (heute: Schweflige Säure). Das in der Retorte zurückbleibende Oleum wurde dabei konzentriert. Ähnliche Produkte erhielt Glauber auch beim Destillieren von Alaun oder Zinkvitriol (Zinksulfat). Erstaunlicherweise wurden die (heute als giftig geltenden) Produkte von Glauber aufgrund ihrer "wunderbarlichen Wirckungen" als Arzneimittel empfohlen. "Spiritus volatilis vitrioli" erhielt Glauber auch beim Verbrennen von Schwefel. Erst Priestley identifizierte über hundert Jahre später das dabei entstehende Schwefeldioxid als neue Gasart.  
  
Beim Erhitzen von 2 Teilen Alaun mit 1 Teil Salpeter erhielt Glauber durch langsames Destillieren und eine nachfolgende "linde rectification" (Rektifikation) "Spiritus nitri" (rauchende Salpetersäure). Die gleiche Säure konnte Glauber auch beim Erhitzen von  einem Teil Oleum mit zwei Teilen Salpeter (Kaliumnitrat) darstellen. Dieses Verfahren wurde vermutlich von Glauber erstmals entwickelt. Glauber beschrieb auch ein Herstellungsverfahren zur Darstellung von Königswasser ("Aqua Regis"):  
  
"Wenn man mit diesem Spiritus Nitri acido, ein außgeglüht Koch-saltz solviert, und durch gläsern Retorten im Sand mit starckem Fewer rectificirt, so wird er so starck, daß er das Gold und alle andere Metalla und Mineralien (außgenommen Lunam und sulphur) auff solviren (Anmerkung: heute lösen) kann ... viel besser, als mit Aqua Regis, welches mit zuthun Salis Armoniaci (heute: Ammoniumchlorid) gemacht worden ist". 
  
Bemerkenswert ist, dass das Königswasser schon lange vor der Entdeckung der Salzsäure bekannt war. Die Herstellung von Königswasser aus Salpetersäure und Ammoniumchlorid geht vermutlich bis in die Zeit vor dem Mittelalter, bis zu den arabischen Alchimisten im 7. oder 8. Jahrhundert zurück. Glauber war aber der erste, der konzentrierte Salzsäure herstellen konnte. Die Herstellung einer salzsäureähnlichen Substanz wurde in dem Werk "Alchemia" von Andreas Libavius (geb. um 1540) durch das Glühen von Kochsalz und Ton beschrieben. Basilius Valentinus beschrieb nur wenig später die Umsetzung von "Vitriol" (Kupfersulfat) mit Kochsalz, bei der "ätzendes Wasser" ("Aqua Caustica") entstand. Glauber schilderte zunächst die unvollkommenen Methoden der Vorgänger und entwickelte ein eigenes Verfahren: Er tränkte glühende Holzkohle mit einer Kochsalzlösung und verbrannte diese in einem Ofen. Das Verfahren von Valentinus erweiterte er, in dem er eine Mischung aus Vitriol und Alaun auf die glühenden Kohlen gab. Auf diese Art und Weise konnte Glauber eine konzentriertere Salzsäure ("Spiritus Salis") als seine Vorgänger darstellen. Eine der größten Entdeckungen Glaubers war jedoch die Herstellungsmethode aus Kochsalz und Schwefelsäure (Reaktionsgleichung siehe bei >Salzsäure). Dabei konnte er neben einer relativ konzentrierten Salzsäure ("Salzgeist", vermutlich bis zu 26%) auch Natriumsulfat ("Sal Mirabile Glauberi", dt. Glaubersalz) gewinnen. 
 

Die von Glauber entwickelten Öfen und Destillationsanlagen waren für die zukünftigen Labors von großer Bedeutung. Heute unersetzliche Verfahren der chemischen Industrie wie die fraktionierte Destillation und das Verfahren der Rektifikation gehen teilweise auf Glauber zurück. Er setzte eine ganze Reihe an Glasgefäßen ein, so beschrieb er gläserne Retorten und Trichter oder Flaschen mit eingeschliffenen Glasstopfen. Darin bewahrte er die konzentrierten Säuren auf. Von der Vielzahl an weiteren Substanzen, deren Herstellung auf Glauber zurückgehen, sollen noch die Explosivstoffe erwähnt werden. So entwickelte er ein Verfahren, um Knallgold gegen Hitze unempfindlich zu machen oder er arbeitete an der Herstellung von Salpeter und anderen Nitraten, beispielsweise von Ammoniumnitrat. Die explosive Wirkung dieses Stoffes kannte Glauber allerdings noch nicht, da die Initialzündung zu jener Zeit noch nicht bekannt war. 
 

• Glauber, Johann Rudolph: Glauberus Concentratus, Faksimile der Leipziger Ausgabe von 1714, Ulm 1961
• Glöckner, W., u.a.: Handbuch der experimentellen Schulchemie, Band 1 S. 326 ff., Köln 2002 
• Priesner, Claus und Figala, Karin: Alchemie, München 1998
• Walden, P.: Johann Rudolph Glauber in Günther Bugge: Das Buch der großen Chemiker, Weinheim 1929